浄化槽から様々な衛生害虫が発生します。チョウバエやチカイエカなどは、飛び回り雑菌を媒介する種類の害虫や、アメリカミズアブの幼虫の様にウジ虫に見える形で排水管をあがってくる害虫もいます。

浄化槽では上から吊るすタイプの殺虫剤を使用することが多く、以前は有機リン系の「ジクロルボス」が中心でしたが、中国製冷凍餃子に含まれ中毒患者が発生した事件もあった様に、毒性が強く徐々に減ってきています。そのため哺乳類には影響が少ない「ピレスロイド系」を主に使用するようになってきています。

害虫の種類により差駐在の効果が異なります。一般の殺虫剤では効果が弱いため浄化槽専用の殺虫剤が販売されています。